他尝百草，走遍千山万水，写出了如此医学巨著，《本草纲目》全书共计190万字，分为五十二卷，另在卷首还附刊了一些有关的重要资料，共收录了1892种药物 ，药方11096首，插图1160幅。其全书可分为三部分：
卷首部分----“本草纲目凡例”。其内容包含本卷的目录以及附图1160幅。
卷一至卷四部分----“序例” 和“百病主治药”。
卷五至卷五十二部分----这是《本草纲目》的主要内容，它把所收录的1892药物细分为16部，部下又分类，总计60类,在大多数药物后面，都附有历代的经验药方11096个，其中有8160个是来自李时珍亲自收集。
由于本书内容繁多，且重点又放在1892种药物的主治功能上；因而,本数据库只能着重选择原著中，按药物的“正名”、“释名”、“气味”、“主治”、“附方”等五部分组成字段名的数据库。以便读者搜寻、浏览和查询。这样，既为那些从事《本草纲目》的研究学者方便查询，同时也为普通读者方便搜集治病的药物。并为满足医疗临床、预防医学、养生保健、科研和教学等，提供准确、详实的材料；也为开发新药研究提供线索和工、农业生产提供指导和参考。
《本草图谱》栏目，共收录了1200多种药物的彩色图谱，按 现代科学分类法：类、科、种进行分类，以方便查询和浏览。同时克服了《本草纲目》中没有彩色图谱的缺点。
《中药验方》栏目，共收录了500多个常用药膳验方,并且在下一版本会不断地充实、增加内容。

本草纲目：

水部　　 火部　　 土部　　 金部　　 石部

常见疾病中药验方：

感 冒　　 支气管炎　　　 高血压　　　 冠心病　　　 
肝 炎 溃疡病 贫 血 便　秘
肾 炎 糖尿病 痢　疾 失眠症

妇科疾病中药验方
月经不调　 子宫脱垂 妊娠水肿　 产后缺乳　 
闭　经 崩 漏 痛 经 乳腺炎
习惯性流产 妊娠恶阻 带下病 更年期综合症

儿科疾病中药验方
水 痘 麻 疹 腹 泻 肾 炎 
厌 食 遗 尿　 伤 食 百日咳　
小儿流涎 肠道寄生虫 疳 积 流行性腮腺炎

男性疾病中药验方
阳 痿 遗 精　 早 泄 精液清冷症　　 
慢性前列腺炎　　　 　　 　　　　 　

其它疾病中药验方
验方集锦一 验方集锦二 验方集锦三 验方集锦四 验方集锦五 

中药图谱：

总 论 解表药 清热药 涌吐药
化痰止咳药 芳香化湿药 利水渗湿药 平肝熄风药
祛风湿药 温里药 理血药 理气药
开窍药 安神药 补益药 固涩药
消导药 泻下药 驱虫药 外用药